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重讀經(jīng)典，MIQE指南解讀系列 -1 MIQE的誕生

來源: | 作者:/ | 發(fā)布時間: 2025-07-17 | 57 次瀏覽 | 分享到:

以下內(nèi)容來源于“伯樂生命科學”公眾號：

可重復(fù)性"危機"：

科研領(lǐng)域上空的揮之不去的 “幽靈”

可重復(fù)性危機，又稱再現(xiàn)性危機和可復(fù)制性危機，是影響科學研究方法和結(jié)論的危機。隨著時間的推移，一些研究學會或團體已經(jīng)意識到，許多科學研究的結(jié)果很難或幾乎不可能被準確重現(xiàn)。實驗數(shù)據(jù)的可重復(fù)性對科學方法至關(guān)重要，因此，難以重復(fù)研究或理論的結(jié)果會損害其結(jié)果的可信度。

下面是2016年《Nature》期刊對 1576 名研究人員進行調(diào)查后得出數(shù)據(jù)，讓我們揭開真實世界陰影下的一角。

數(shù)據(jù)顯示， 52%的受訪者同意可重復(fù)性存在重大 "危機"，只有3%否認，說明這個問題已經(jīng)是科研領(lǐng)域中人人皆知的一個“頑疾”。

三分之一的受訪者表示，他們的實驗室在過去五年中采取了具體措施來提高可重復(fù)性。但仍然有34%的實驗室未采取任何措施。

70%以上的研究人員嘗試過重復(fù)其它科學家的實驗，但都以失敗告終，50%以上的研究人員未能重復(fù)自己的實驗。

不過，有 24% 的人表示他們能夠發(fā)表重復(fù)成功的論文，13% 的人發(fā)表了重復(fù)失敗的論文。期刊接受投稿比拒絕更為常見：只有 12% 的人表示無法發(fā)表成功重復(fù)出他人的工作；10% 的人表示無法發(fā)表失敗的重復(fù)嘗試。

那是什么原因?qū)е铝丝芍貜?fù)危機呢？

超過60%的受訪者表示，發(fā)表論文的壓力和有目的的選擇性報告結(jié)果是導(dǎo)致可重復(fù)性問題的原因。半數(shù)以上的受訪者認為是實驗室重復(fù)不足、監(jiān)督不力或統(tǒng)計能力不足造成的。還有一小部分人指出了試劑的變異或使用難以重復(fù)的專門技術(shù)等阻礙了結(jié)果的重現(xiàn)性。

科學界可以做些什么？

受訪者被要求從科學角度來提高可重復(fù)性的 11 種不同方法進行評分，所有方法都得到了一致認可。近90%的受訪者（超過1000人）選擇了 "更穩(wěn)健的實驗設(shè)計"、"更好的統(tǒng)計 "和 "更好的指導(dǎo)和監(jiān)督"。這些選項的排名都高于為提高可重復(fù)性而獲得回報/獎勵（如資金或終身教職）的選項。但即使是排名最低的項目--期刊核對表--也贏得了高達 69% 的支持率。

RT-PCR（qPCR）技術(shù)的通用規(guī)則：

MIQE 指南

要使研究有效，研究結(jié)果和數(shù)據(jù)必須具有可重復(fù)性，而目前在多個科學領(lǐng)域都存在這種危機，包括生命科學領(lǐng)域，實際上，發(fā)布毫無意義的 qPCR 結(jié)果非常容易。如果沒有透明的優(yōu)化、驗證和質(zhì)量控制程序，讀者就不可能區(qū)分可靠或有偏差的結(jié)果或者技術(shù)方法存在變異。

可重復(fù)危機沒有簡單的解決方案，但研究人員、期刊、學術(shù)編輯、患者和相關(guān)利益團體可以發(fā)揮作用，確保科學研究遵守嚴格的標準。隨著人們對可重復(fù)危機的日益關(guān)注，或許有一種方法可以成倍提高研究的有效性和質(zhì)量。

立秋時節(jié)

于是一幫有著崇高學術(shù)追求和理想主義的學者集合起來，在2019年發(fā)表了 MIQE 指南（qPCR 實驗發(fā)布的最低限度信息的英文縮寫），該指南規(guī)定了獲得可靠結(jié)果所需的最低限度的關(guān)鍵實驗參數(shù)和注意事項，這是一種最佳實踐和常識性理論。這篇文章目前是《Clinical Chemistry》中被引用次數(shù)第二多的論文。

MIQE指南的全部作者，群星閃耀、熠熠生輝

彩蛋

第三行第1位，Stephen A Bustin，MIQE 指南的第一作者，MIQE 最主要的推動者和踐行者；第三行第3位，Jo Vandesompele，著名的 qPCR 數(shù)據(jù)分析專家，提出了許多原創(chuàng)性的數(shù)據(jù)分析理論和方法；3、第三行第4位，Carl T. Wittwer，著名的猶他大學教授，前 Biofire 的聯(lián)合創(chuàng)始人（2013被生物梅里埃收購，產(chǎn)品品牌為 FilmArray），是熒光定量 PCR 的技術(shù)先驅(qū)，率先將 SYBR Green I 和熔解曲線引入 PCR，發(fā)明了高分辨率熔解曲線分析；也是學術(shù)界大牛，他的多數(shù)學術(shù)成果，都轉(zhuǎn)化成了具體產(chǎn)品。

MIQE 的最終目標是建立一個明確的框架，在此框架內(nèi)進行 RT-qPCR 實驗，并為審稿人和期刊編輯提供一個公認的標準，用于評估待發(fā)表文章的質(zhì)量。因此，使用這種廣泛應(yīng)用的方法將最終產(chǎn)生更一致、更有可比性和更可靠的數(shù)據(jù)。值得注意的是，Bio-Rad 公司一直在大力提倡和遵循 MIQE 指南的原則和理論，并發(fā)展出一套符合 MIQE 指南的 RT-PCR/qPCR 全流程實驗方法，涵蓋從實驗設(shè)計到數(shù)據(jù)分析。

立秋時節(jié)

下面讓我們回顧一下MIQE指南發(fā)表之后對基于RT-PCR（qPCR）數(shù)據(jù)發(fā)表的SCI文章的影響。

MIQE 對數(shù)據(jù)報告透明度的影響

對使用 RT-PCR (qPCR) 的 1,700 多種出版物進行的兩項調(diào)查顯示：MIQE 指南對2012-2013年使用 qPCR 發(fā)表的論文的數(shù)據(jù)報告質(zhì)量產(chǎn)生了重大影響。與2009-2011年所有分析過的 qPCR 論文相比，引用 MIQE 指南的論文在報告14個重要參數(shù)方面有了持續(xù)、顯著的提高，尤其是在 RNA 質(zhì)量、PCR 效率和數(shù)據(jù)歸一化處理方面。很顯然引用 MIQE 指南的論文顯著提高了實驗數(shù)據(jù)的透明度。

MIQE 指南在發(fā)表的 SCI 文章中影響力

MIQE 指南是否幫助研究人員在高 IF 期刊上發(fā)表論文？

制定 MIQE 指南的初衷是幫助科學界發(fā)表更可靠、更可重復(fù)的數(shù)據(jù)。Afif M. Abdel Nour 等人在尋找 MIQE 指南對發(fā)表高質(zhì)量研究成果是否有用的過程中，比較了含有 "qPCR " 和 "MIQE- 指南 " 術(shù)語論文的平均加權(quán) CiteScore，下圖顯示，在過去 10 年中，"MIQE" 論文的 CiteScore 較高。因此遵循 MIQE 指南的研究人員發(fā)表高被引論文和高分 SCI 文章的機會更大。

之后他們分析了 Scopus 數(shù)據(jù)庫（Elsevier）12年來所有發(fā)表于 2009年1月至2020年5月的論文中的 "real-time PCR" 一詞，并按作者所屬單位和國家進行了分類。來自219個國家和地區(qū)的研究人員發(fā)表了提及 "real-time PCR " 的論文。令人驚訝的是，這些發(fā)表的 qPCR 論文分布并不均衡，其中中國是"頭號玩家"，占總數(shù)的21.6%，美國占16.9%，"排名前五的西歐國家（德國、英國、法國、意大利和西班牙）合計占18.6%。

涉及“實時熒光定量 PCR”的科學論文的全球分布概覽

來自100個不同國家并引用了 MIQE 指南的的作者中，發(fā)現(xiàn)來自中國占比10.8%，僅次于美國的13.6%，但仍要看到整個科研界引用或者符合 MIQE 指南的文獻仍然占比較低，許多作者仍然沒有提供足夠的技術(shù)細節(jié)，即使提供了相關(guān)信息，也往往無法支持作者得出的結(jié)論。

寫在最后

Tips：

”

有研究者發(fā)現(xiàn)這些無法再現(xiàn)的論文有一些共同的特點，包括關(guān)鍵試劑使用不當、缺乏陽性和陰性對照、統(tǒng)計數(shù)據(jù)使用不當以及沒有重復(fù)實驗。如果有重復(fù)實驗，往往會對數(shù)據(jù)進行大量篩選，以呈現(xiàn)研究者 "喜歡 "的結(jié)果，這些都是不可再現(xiàn)論文的常見缺陷，適用于所有基礎(chǔ)生物學研究。由于缺乏對 RT-PCR（qPCR）技術(shù)和實驗過程質(zhì)量控制細節(jié)的透明報告，很大比例的出版刊物中都無法評估所報告的 qPCR 數(shù)據(jù)的質(zhì)量，而這一缺陷使得評估結(jié)果的生物學或臨床相關(guān)性變得十分困難。

但正所謂辦法總比困難多，科學界集體行動的結(jié)果產(chǎn)生了 MIQE 指南，RT-PCR（qPCR）技術(shù)從此擁有了強大的理論支撐，只要遵循了該指南，科研文獻數(shù)據(jù)就會變得更透明，結(jié)果的可重復(fù)性和結(jié)論的可靠性就會大大提高，讓我們一起好好學習、理解 MIQE 這把“利刃”，并在具體應(yīng)用中展示如何利用 MIQE 指南進行最佳實踐。

敬請關(guān)注：“重讀經(jīng)典，MIQE 指南解讀系列”，下一期，我們將剖析 MIQE 誕生背后的那些故事，下期見~

參

考

資

料

1）https://www.nature.com/articles/533452a

2）MIQE qPCR & dPCR：How to apply the MIQE guidelines - a visual, interactive and practical qPCR & dPCR guide, 5th Edition

3）http://hwmaint.clinchem.aaccjnls.org/cgi/doi/10.1373/clinchem.2016.268953

4）The MIQE Guidelines - Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments