生信篇 | 三代測序質(zhì)控：NanoFilt vs Filtlong，誰更勝一籌？

來源: | 作者:/ | 發(fā)布時間: 2025-05-29 | 230 次瀏覽 | 分享到:

三代測序質(zhì)控：

NanoFilt vs Filtlong誰更勝一籌？

”

三代測序（尤其是 Nanopore）數(shù)據(jù)中普遍存在讀長分布廣、質(zhì)量波動大等問題，質(zhì)控作為下游比對和組裝的前置步驟，其重要性不言而喻。本文聚焦兩款高頻使用的三代測序質(zhì)控工具：NanoFilt 與 Filtlong，對比其原理、參數(shù)設(shè)置與實際表現(xiàn)，為你篩選最優(yōu)方案。

工具簡介

Nanofilt

使用Python編寫，支持流式處理（stdin/stdout）
適用于快速過濾 Nanopore/PacBio 數(shù)據(jù)
支持設(shè)置平均質(zhì)量、最小長度、首尾裁剪等參數(shù)

Filtlong

使用C++開發(fā)，效率更高
核心理念是打分排序 + 截留最優(yōu)子集
可結(jié)合參考序列選擇對參考更接近的 reads

參數(shù)設(shè)置與命令示例

Nanofilt 常用參數(shù)

-q：最低平均質(zhì)量（Phred）
-l：最小read長度
--headcrop：去除首端堿基（清理起始低質(zhì)區(qū)域）
--tailcrop：去除尾端堿基（去除末端漂移或污染）

??為什么要設(shè)置 --headcrop / --tailcrop？

因為三代測序因信號捕獲機(jī)制，首尾堿基常存在質(zhì)量劣化或接頭殘留，容易誤導(dǎo)下游分析。合理裁剪首尾可有效提升 reads 整體質(zhì)量，降低比對錯誤率。

Filtlong 常用參數(shù)

--min_length：最小保留長度
--keep_percent：保留打分靠前的 top n%
--target_bases：保留指定總堿基量（適合抽樣）
--mean_q_weight：調(diào)整評分時對質(zhì)量的權(quán)重
--ref：提供參考序列，根據(jù)比對得分篩選 reads（偏好真實信號）

兩者比較

輸入輸出差異

Nanofilt：原生支持標(biāo)準(zhǔn)輸入/輸出（stdin/stdout），可無縫嵌入 | minimap2 | samtools 流式流程；
Filtlong：支持從 stdin 讀取數(shù)據(jù)，但輸出默認(rèn)寫入文件，若需輸出到 stdout 需顯式使用 -，但流式處理兼容性相對較差，建議作為獨立質(zhì)控步驟使用。

各自優(yōu)勢

Nanofilt更側(cè)重高效質(zhì)量過濾，操作簡潔且裁剪功能靈活多樣；
Filtlong更適合按目標(biāo)堿基量篩選優(yōu)質(zhì)reads，支持基于參考的輔助優(yōu)化；
若目標(biāo)是精簡且高質(zhì)量子集，F(xiàn)iltlong 優(yōu)勢明顯；反之若注重整體數(shù)據(jù)質(zhì)量均衡，NanoFilt 更為便捷。