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生信篇 | 長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列比對(duì)工具介紹

來(lái)源: | 作者:/ | 發(fā)布時(shí)間: 2024-04-26 | 893 次瀏覽 | 分享到:




前言


隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，尤其是近些年崛起的長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序，產(chǎn)生了大量的長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列，如何高效率地將這些reads比對(duì)到參考序列上，成了人們關(guān)注的重要問題。



簡(jiǎn)介


本文介紹一款專門應(yīng)用于單分子測(cè)序single-molecule sequencing(SMS)產(chǎn)生的序列比對(duì)分析工具，具有魯棒性(robust)強(qiáng)，靈敏度(sensitive)高等優(yōu)勢(shì)。軟件文章pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity發(fā)表在Briefings in Bioinformatics(IF=9.5)上，可下載閱讀。pathMap獨(dú)有特征是通過最長(zhǎng)的path來(lái)選擇最佳比對(duì)的鏈。

圖片


軟件安裝

硬件需求：

  • Intel Core i3 2100 or later for Windows

  • Color display capable of 1024 X 768 pixel resolution


內(nèi)存需求：

  • 800M磁盤空間，16G運(yùn)行內(nèi)存。


軟件安裝：

  • 直接在GitHub上下載zip安裝包，解壓后在pathmap-main目錄下進(jìn)行make編譯即可。

  • pathmap后出現(xiàn)幫助文檔信息，表明軟件完成安裝，可以正常使用。



軟件使用

運(yùn)行命令：使用默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行演示

./pathmap-main/pathmap GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna ecoli_500kb_reads.fastq > pathmap_aligned.sam

pathmap_aligned.sam即比對(duì)的sam文件，可用于后續(xù)的分析。


軟件優(yōu)勢(shì)


與其他類型的比對(duì)工具進(jìn)行比較：

測(cè)序的糾錯(cuò)可靠性更強(qiáng)：無(wú)論在低錯(cuò)誤率區(qū)還是在高錯(cuò)誤率區(qū)，序列的mapping都有穩(wěn)定而準(zhǔn)確的表現(xiàn)；


在對(duì)病原微生物的種屬鑒定種中有更高得靈敏度；



運(yùn)行速度和內(nèi)存使用：pathMap運(yùn)行速度較快，占用內(nèi)存與Winnowmap2相當(dāng)。


參考文獻(xiàn)


[1] Wei ZG, Zhang XD, Fan XG, Qian Y, Liu F, Wu FX. pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity. Brief Bioinform. 2024 Jan 22;25(2):bbae107.

[2] https://github.com/zhang134/pathmap.git